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然而遗憾的是，复归故土的阿帕克和卓没多久便溘然长逝，于是白山、黑山两派的权力斗争再次上演。
准噶尔王国也并不是天下太平，因为清朝绝不会坐视噶尔丹尾大不掉。当时双方针对蒙古的争夺已经势如水火，战端一触即发。
康熙三十五年（公元1696年），康熙帝亲率大军出兵漠北。第二年，噶尔丹被清军所败，在阿尔泰山服毒自杀。
那么他为什么不逃回准噶尔呢？因为那里已经不再属于他。就在他和清军交锋时，他的侄子策妄阿拉布坦发动政变夺取了汗位。当然，这里面也有清朝的计谋。
1720年，夺得汗位的策妄阿拉布坦趁和卓家族内讧之际再次出兵南下，将两败俱伤的和卓带回了伊犁。当时，白山派的首领是阿帕克和卓的孙子玛罕穆特，黑山派的首领是达尼亚尔。此外，玛罕穆特的两个儿子波罗尼都和霍集占也在发往伊犁之列。
起初，策妄阿拉布坦从原住民中选出了地方长官并委以行政大权。后来，他又打算从和卓家族中选出一人作为宗教首领。
是选白山派的玛罕穆特，还是选黑山派的达尼亚尔呢？经过激烈的思想斗争，策妄阿拉布坦终于从准噶尔的自身利益考虑选择了黑山派的达尼亚尔。不过，达尼亚尔虽然可以放归喀什，但他的长子必须作为人质留在准噶尔。
在康熙帝亲征之下，清朝占领了哈密，并于1720年攻陷了吐鲁番。喇嘛教立国的准噶尔此时对西藏垂涎欲滴，所以和清军展开了对抗。两年后，清军进发至乌鲁木齐，本欲拿下准噶尔的大本营伊犁，终因粮草不足而罢兵。
当年，康熙皇帝驾崩，继承皇位的雍正帝和准噶尔签订了和平条约。虽然有一纸条约，但和平并未维持多久。1727年，准噶尔汗策妄阿拉布坦病故，年轻气盛的噶尔丹策零即位后，时刻想着收复失地。他自然不是强大的清军的对手。雍正九年（公元1731年），双方再次开战，噶尔丹策零惨败。
1745年，噶尔丹策零去世，噶尔丹内部因继承问题纷争又起。
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准部自噶尔丹以后三世皆枭雄，能用其众。至乾隆十年噶尔丹策零死，而所部遂乱……
上段文字引自魏源的《圣武记·乾隆荡平准部记》的开头部分。
具有卓越军事才能的统帅可以在短时间内建立政权，但政权内部的膨胀也往往如影随形，正所谓“其兴也勃焉，其亡也忽焉”。
噶尔丹策零死后，他的三子一女围绕权力和财产展开争夺，最终酿成大乱。当然，女儿的参与也充分暴露了她的丈夫是个心怀叵测的家伙。最有实力的争夺者是阿穆尔萨那，他是策妄阿拉布坦的外孙。不过外孙毕竟是旁系，在汗位继承上难以顺理成章，于是他便拥立贵族达瓦齐为大汗，以便自己在幕后“挟天子以令诸侯”。然而他却打错了如意算盘，纵然他有拥立之功，但登上汗位的达瓦齐再也无法容忍他的飞扬跋扈。面对达瓦齐的进攻，阿穆尔萨那只得投降清朝。
1754年7月，阿穆尔萨那谒见乾隆皇帝，并献上了征讨准噶尔的对策。第二年，清兵即分西北两路剑指准噶尔。其中，西路军将领为永常、北路军将领为班第，阿穆尔萨那被任命为北路副将，直接加入到征讨大军之中。
此时，因常年内讧而四分五裂的准噶尔已丧失了与清军决战的能力，几乎没有参战便被一举扫荡，大汗达瓦齐只携百余骑向南仓皇逃窜。
我在前面也提过南疆当时也称回疆，隶属喀什管辖。既然如此，身在喀什的察合台汗的后裔们只要是被冠以汗名的，最后都被带到了伊犁，喀什则由新任命的行政长官管理，而行政长官自然也成了当地的实权派。因为达瓦齐和乌什的行政长官霍吉斯相交甚厚，所以最终在那里落脚。
达瓦齐觉得霍吉斯的职位是由他任命的，所以对方应该对自己的知遇之恩感激涕零，不过霍吉斯未必这样想。看来，达瓦齐的想法也只是一厢情愿。但不管怎么说，当时的南疆名义上还是准噶尔的土地，因而被统治者在面对统治者时应摆出一副委曲求全的姿态，即便这是假装出来的友好。被任命为乌什行政长官的霍吉斯确实是一个善于伪装的人，而达瓦齐对此却丝毫不觉。
对于霍吉斯来说，他并无意保护这只困穷来投的可怜虫，而是煞费心机地将他送到了清军面前。面对霍吉斯的恩将仇报，达瓦齐也许早已咬牙切齿，恨不得将其生吞活剥。但在霍吉斯看来，他完全没有必要对达瓦齐以命相保。因为纵观当下局势，准噶尔已经分崩离析，而清朝早已掌控了这里。
江山易主，权力更迭。面对新的主人，当然要拿出殷勤的姿态。那么在这种背景下包藏达瓦齐并非明智之举，因为弄不好会受连坐之罪。如今将达瓦齐献出，不仅是对新主人的献媚，更是一种臣服。至于达瓦齐是死是活，那就听天由命了，而霍吉斯的忘恩负义或许就无人追究了。
阿穆尔萨那是一位城府颇深的野心家。他暂降清朝蛰伏待机，不仅仅在于想要再次控制准噶尔，还想将南疆地区一口吞并。于是，他先劝说主将班第释放阿帕克和卓的曾孙波罗尼都和霍集占。以喀什为中心的区域性宗教领袖本是准噶尔王国所选的黑山派首领达尼亚尔。后来，准噶尔在盲目进军中被清朝所灭，黑山派也因此失去了靠山。
监禁在伊犁的白山派两兄弟被释放后，兄长回到喀什继续和黑山派斗争，弟弟则留在了原地。这是因为当时一同前往伊犁当地的教徒众多，当地需要有人领导信众。
阿穆尔萨那觉得清军之所以能扫荡喀什，主要是因为自己献计有功，所以想当然地做起了当准噶尔汗的美梦。对清朝政府来说，在边境地区扶持强大的少数民族政权就意味着给将来埋下了巨大隐患，所以清朝政府干脆将原准噶尔地区一分为几。阿穆尔萨那虽然被封为“汗”，但离他所期待的地位相差千里。就像某个人想当日本王，结果只封了个九州王是一个道理。
野心勃勃的阿穆尔萨那终于打出了反清旗帜，谋求建立更加辽阔的独立王国。对此，清朝政府自然不会坐视不管，于是第二次远征准噶尔，掌印主帅为兆惠。胜败似乎早已注定。前面已有所提及，由于阿穆尔萨那是原准噶尔汗的外孙，所以准噶尔人并不认可他的正统地位。这就像日本的德川家康的女儿嫁给年俸二十石的大名，他们的儿子想要继承将军之位当然是名不正言不顺的道理一样。
此外，也许是野心家总会利用各种手段欺骗民众吧，所以一般民众对野心家都有一种本能的反感。阿穆尔萨那在他的正统地位受到怀疑、野心遭到民众的反对后，又恰逢天降瘟疫，连续遭受挫败的阿穆尔萨那如丧家之犬，逃到了西西伯利亚。
阿穆尔萨那没有选择南部的回疆和天山南路，而是选择逃向西西伯利亚这个属于沙俄领土的不毛之地，这大概是因为他的心头萦绕着挥之不去的血淋淋的教训吧——达瓦齐被他最信任的霍吉斯所捕，献给了清军。
逃到沙俄之后，阿穆尔萨那身边只有几个随从相伴，加上又患上了当时流行的痘疮，不幸客死在西西伯利亚。他死后，遗体被沙俄送给了清朝。
此次征伐准噶尔，清军的手段颇为残忍：一方面是因为准噶尔过去反复无常，多次背弃前盟；另一方面也因为准噶尔是游牧民族，桀骜勇猛，所以清朝采取了恐怖的血洗之策。
据说伊犁周边的准噶尔部族，其半数因流行病和战争死去，剩下的一半似乎都为清军斩杀。此后，伊犁的准噶尔部族，即瓦剌·蒙古人（漠西蒙古人）几乎伤亡殆尽。
此时，留在伊犁的霍集占站在了阿穆尔萨那一方。被清军击败后，阿穆尔萨那逃到了西伯利亚以西，而霍集占自然是奔向兄长所在的家乡喀什。在他回到家乡之前，他的兄长波罗尼都借助阿穆尔萨那的力量在喀什、莎车地区迅速崛起，对黑山派形成了压倒性优势。弟弟回来后，兄弟二人便开始谋划在故乡的热土上重新建立起强大的政权。
乾隆二十三年，清朝命雅尔哈善为靖逆将军征讨和卓兄弟，于是万余清军从吐鲁番出发，兵锋直指库车。和卓兄弟随即率数千士兵穿越戈壁前来应战。