3.3 SARS由何引起？病原体来自何处？
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通过多个中心的研究人员的通力合作，尤其是在香港、巴黎、温哥华、亚特兰大、鹿特丹等地医院和其他公共卫生机构的研究人员，从当局首次意识到该疾病之后不到6个月时间，SARS的病因于2003年4月被最终确定。当年4月，世界卫生组织宣布，位于德国汉堡的伯纳德·诺奇特研究所(Bernard Nocht Institute)与一家生物技术公司合作发明了一种基于PCR技术的诊断试剂盒，并将这种试剂盒免费提供给与世界卫生组织合作网络中的实验室。其他人还研发了从血清中检测SARS特异性抗体的技术，若个体确曾感染过该病毒，将会发送特定的信号。
尽管SARS病原体来自知名的通常引起哺乳动物出现轻微的打喷嚏、咳嗽和感冒的病毒种群(冠状病毒，coronavirus)，但它对科学界来说是一种新型病原体。传染性支气管炎病毒是一种冠状病毒，常常给鸡肉和鸡蛋等生产商造成困扰。另一种冠状病毒同其他许多病毒一起被认为可能是引起人类多发性硬化症的病因。尽管一种与此相关的小鼠肝炎病毒曾被用作多发性硬化症的实验动物模型，但是没有证据表明这种病毒能引起人类多发性硬化症。
初步结论是引起2002—2003年SARS暴发的SARS冠状病毒是从喜马拉雅果子狸(或者称为花面狸)交叉传播到人类的。果子狸与家猫没有任何相似之处，甚至不属于猫科动物，而狮子、老虎、美洲豹、印度豹之类的食肉动物才是猫科动物。此外，果子狸是独居的、夜行的杂食动物，能吃任何它们可获得的食物(如果实、肉类等)。果子狸是一种生活在印度和南亚的森林中的树栖动物，那它们是怎么将病毒传染给人类的呢？答案就是，在部分亚洲国家，许多外来物种都被人类当作食物，这些小动物被人们捕获，成为餐桌上的美食。
对果子狸采样后，进行SARS冠状病毒分离，同时对野生动物贩卖者进行血清学检测，发现他们体内存在病毒抗体，这表明在此之前，SARS病毒感染在人类中就可能相当普遍了。这种情况既难以识别又没有严重到足以引起当地医疗行政部门的重视。尤其在到处都是蚊子，经常出现非特异性发热的地区，新发感染事件的本质很容易被掩盖，鉴别诊断比较困难。2002年底最可能的情况是某人在处理果子狸的时候感染了SARS冠状病毒，然后将这种病毒传染给了其他人。
当时正值中国传统节日——春节期间，大量的人口流动、家庭聚会、节日活动促成了病毒的广泛传播。人们认为至关重要的是，一些人是SARS病毒的超级传播者，因为不仅他们体内的病毒没有被完全清除，而且还向外环境中排出大量的病毒。其中一位超级传播者将病毒带到香港，另一些人从香港飞往新加坡和多伦多，多伦多是唯一的亚洲和太平洋其他地区以外被SARS病毒波及的城市。
因此，SARS暴发是一个典型例子，说明了当新型病原体首次跨越物种屏障，在新的宿主中安顿下来时，会发生什么事情。分子生物学方面的证据也支持病毒单方面从果子狸传染给人类的初步结论。在人与人之间循环的SARS冠状病毒有缺失，意思是它缺少一些在动物中才能找到的遗传物质。
大量的偶然和随机变化造成了这种交叉事件的特征性改变。对于SARS而言，饮食习惯、时机选择、人类活动形式等环境因素偶然地聚集到一起，在某种程度上导致了一个重大问题。在疫情末期，有34个国家报道了SARS病例。许多患者是在旅行时接触了感染者而出现临床症状，而一些人病得较重并被收入院，但是大多数人回家后都没有将病毒传给当地人或者引起二次传播。